Les instances de gouvernance sont le conseil d’administration et le bureau exécutif. Elles sont composés de responsables des organisations paysannes (OP) membres et disposent des prérogatives pour décider des activités à mettre en œuvre conformément aux orientations définies par le congrès.
Le Secrétariat Général du CNCR est l’organe d’exécution. Il dispose, pour mener à bien les activités, d’une Cellule d’appui technique (CAT) qui assure, en relation avec les responsables du CNCR et des prestataires de services indépendants, la préparation des dossiers, la négociation des programmes, la formation des responsables d’OP ainsi que la coordination et le suivi des activités du CNCR.
Le congrès
Composé de tous les membres, il est l’organe souverain d’orientation et de décision du CNCR.
Le conseil d’administration
Il compte 60 membres (quatre représentants par membre fondateur et deux par nouveau membre). Il a pour pouvoirs de planifier, mettre en œuvre et suivre les activités du CNCR conformément aux orientations et programmes définis par l’assemblée générale.
Le bureau exécutif
Composé de 18 membres, il exécute les décisions du Conseil d’administration.